鳥兒是如何出生的？
#由于原文中音頻和圖片均不能再使用，因此以鏈接形式給出。
我研究分子生物學(xué)已經(jīng)很多年了。我也非常熱愛音樂，跟悉尼的流行樂隊(duì)蜂鳥一起玩過。一般來說這兩種追求之間沒有多少重合之處，但我最近發(fā)現(xiàn)可以利用DNA序列創(chuàng)造音樂。
這被稱為可聽化。這樣做的人們通常將DNA序列看成隨機(jī)模式，創(chuàng)造好聽的音樂。但如果我們使用音符發(fā)現(xiàn)某些關(guān)于DNA序列的有用信息又如何呢？就像是哪些地方發(fā)生了突變？
所以我開始編碼，設(shè)計(jì)了一種工具將DNA序列轉(zhuǎn)換為音頻流。這一研究成果已發(fā)表在英國醫(yī)學(xué)委員會(huì)生物信息雜志上。
聽出差異
DNA是蛋白質(zhì)合成的模板。DNA序列是一條長長的連續(xù)鏈，由四種基本化學(xué)物組成，即G、A、T以及C。它們以不同的模式進(jìn)行復(fù)制形成基因。一個(gè)物種中很多基因的順序都是一樣的。
但某些時(shí)候序列中的某個(gè)基本化學(xué)物會(huì)與一般的模式不同，這就是突變，這就會(huì)為人類或者微生物造成問題。
在我的在線音頻工具中，任何重復(fù)性DNA序列中突變引起的變化都會(huì)被明顯地聽出來。
為了讓你能直觀地明白我在說什么，下面是我的在線音頻工具中一個(gè)由一系列的G組成的人造測(cè)試DNA序列：
人造測(cè)試DNA GGG序列
相對(duì)的，下面是一個(gè)包含突變的人造測(cè)試DNA序列：
含突變的人造測(cè)試DNA序列
在這個(gè)自然DNA序列中，在大約13秒的時(shí)候重復(fù)音調(diào)中有一個(gè)變化表明序列中那個(gè)位置有一個(gè)微小的變化(突變)：
重復(fù)DNA
編碼密碼子
在實(shí)際中當(dāng)然DNA序列比這更加復(fù)雜。首先，真實(shí)的DNA序列包含密碼子。密碼子是一個(gè)三基本元序列聯(lián)合起來形成的DNA信息單元。一個(gè)密碼子引導(dǎo)一個(gè)蛋白質(zhì)的基本單元，即氨基酸。在自然界中，特定密碼子標(biāo)記基因的起點(diǎn)和終點(diǎn)。在我的方法中，這些特殊密碼子被用于開始和終止音頻。
我并不打算讓你聽到一個(gè)音符就將其關(guān)聯(lián)到特定的密碼子，但整個(gè)音頻卻具有潛在序列的特性(正如你在例子中聽到的那樣)。
例如，編碼一種蛋白質(zhì)的一段人類DNA序列(對(duì)于專業(yè)蛋友而言，這就是大鼠肉瘤RAS蛋白質(zhì)，在癌癥中常有涉及)。下面是以傳統(tǒng)的書寫形式表達(dá)出來的：
這一序列表示了人類RAS DNA序列的首個(gè)外顯子
下面是在我的在線音頻工具中聽起來的樣子：
人類RAS cDNA
最后，當(dāng)我“可聽化”某些編碼細(xì)胞重要RNA組分(不是蛋白質(zhì))的序列時(shí)，你能聽到一段時(shí)間的靜音，點(diǎn)綴著打擊聲，所以你能聽到哪里是停止密碼子。
通常，科學(xué)家們嚴(yán)重依賴于DNA序列的外觀檢查來揭開它們的秘密。可聽化并不是要取代外觀檢查，而是作為一種補(bǔ)充。
希望聆聽由DNA衍生來的音頻能幫助科學(xué)家更好地理解細(xì)胞生物學(xué)。
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